Novi soj korone sve bliži Srbiji: Na severu Hrvatske otkrili škotski, zarazniji tip virusa

Foto: Tanjug/AP

Analiza uzoraka korona virusa prikupljenih iz raznih delova Hrvatske za sada nije otkrila prisutnost engleskog soja koji se širi oko 70 odsto brže od uobičajenog, ali je otkrila postojanje škotskog soja koji je takođe brzošireći, rekao je za Index molekularni biolog, prof. Kristian Vlahoviček s Prirodoslovno-matematičkog fakulteta u Zagrebu.

- Analizirali smo 30-ak uzoraka s početka drugog talasa i 30-ak sveže prikupljenih od kojih je 15-ak bilo sa severa Hrvatske, a ostali iz Zagreba. Dobra je vest da u svih šezdesetak analiziranih uzoraka nismo pronašli ni jedan koji bi odgovarao brzoširećem soju N501Y pronađenom u Engleskoj u novembru. To, naravno, ne znači da on nije prisutan u Hrvatskoj, ali u ovom trenutku verovatnost da je dominantan je razmerno mala - tumači Vlahoviček.

Otkriveni škotski soj koji se takođe brže širi  

Uzorci su prikupljani tokom početka drugog talasa pandemije u Hrvatskoj, tokom razdoblja avgust-novembar. Takođe, posredstvom HZJZ-a pribavljeni su uzorci sa severa Hrvatske prikupljeni početkom decembra, kada je na tom području uočeno brzo širenje virusa i znatno povećanje broja obolelih.

U oko 30 odsto novih uzoraka hrvatski tim je otkrio mutacije koje odgovaraju varijanti virusa pronađenoj u Škotskoj tokom avgusta, za koju je takođe uočeno da se širi brže od virusa pronađenog u ranoj fazi izbijanja epidemije.

- Radi se o mutaciji u proteinu šiljku na položaju 439, tzv. N439K. Dok smo tu mutaciju uočili u tek 10 odsto uzoraka s početka drugog talasa, ona je prisutna u oko 30 odsto uzoraka iz novembra i decembra, a zastupljenija je u pacijentima sa severa naspram zagrebačkih. Za ovu mutaciju nisu utvrđene veze s razvojem težih simptoma, već isključivo bržim širenjem virusne infekcije - napominje prof. Vlahoviček.

Škotska mutacija prisutna je u nekoliko drugih zemalja. Prema novom istraživanju, preliminarno objavljenom na bioRxivu, ona se snažnije veže za stanice nego divlji soj, a simulacije pokazuju da bi mogla biti i nešto otpornija na neka antitela. Ipak, to ne znači da razvijena cepiva neće stvarati imunitet protiv nje. U prilog tezi da se brže širi govori činjenica da se njena prisutnost u Hrvatskoj značajno povećala od početka drugog talasa.

U Hrvatskoj dominira soj koji dominira u Evropi

Od izbijanja epidemije u svetu je analizirano preko 220.000 viralnih sekvenci javno dostupnih u bazi podataka GISAID. Te su sekvence prema sličnosti podeljene u osam različitih grupa.

- U Evropi su u drugom talasu dominantni sojevi GV i GR, izvedeni iz grupe G. Ovi su sojevi svetom počeli da se šire u aprilu i maju, a trenutno predstavljaju najzastupljenije oblike virusa za koje je karakteristično da se brže šire od originalnog soja iz Vuhana. Mi soj GV nismo pronašli u uzorcima iz Hrvatske, dok soj GR uočavamo u više od 75 odsto svih sekvenciranih uzoraka s početka drugog talasa i 25% uzoraka prikupljenih u novembru i decembru. Ostali uzorci većinom spadaju u grupu G, koja je bila dominantna u Evropi i u prvom talasu - objasnio je Vlahoviček za Index.

Ističe da su ovo preliminarni rezultati te da je za podrobniju statističku analizu potrebno prikupiti još podataka.

- Poslednji uzorci pristigli su nam pre svega desetak dana, a ovaj projekt je primer kako je grupa izuzetno motiviranih naučnika i lekara u stanju vrlo brzo da odgovori na najzahtjevnije zadatke. Mnogi saradnici proveli su božićne i novogodišnje praznike u laboratorijima pripremajući uzorke i sekvencirajući virusne sojeve. Ovi rezultati su preliminarni i nastavićemo sa njihovom analizom, a uporedo prikupljamo i nove uzorke kroz koje ćemo osim primarnog cilja projekta pratiti i dinamiku mutacija virusa na području Hrvatske - kaže Vlahoviček.

Reč je o prvim rezultatima istraživanja u sklopu projekta "Varijabilnost sojeva koronavirusa SARS-CoV-2 i genetička podloga domaćina kao biomarkeri za otkrivanje faktora rizika tokom pandemije Kovid-19", koji je s 1.5 miliona kuna finansirala Hrvatska zaklada za znanost (HrZZ) u sklopu IP-CORONA-2020-04.

- 'Cilj našeg projekta je da analiziramo genetičke sledove virusa SARS-CoV-2 unutar hrvatske populacije, kao i individualnu genetičku informaciju oko dve stotine zaraženih pojedinaca. Na taj ćemo način pokušati da odredimo može li genetička podloga svakog pojedinca u kombinaciji s genetikom koronavirusa objasniti razlike u doista širokom rasponu i težini simptoma Kovida-19. U našem istraživanju posebnu pažnju posvećujemo mitohondrijskoj DNK, koju dosad niko nije istraživao u kontekstu infekcije koronavirusom - objašnjava Vlahoviček.

Foto: Tanjug/AP

Tehnologija nove generacije

U svojim istraživanjima tim koristi tehnologiju čitanja genetskog koda DNK nove generacije koja je dostupna na Institutu Ruđer Bošković (IRB) i u Centru za forenzična ispitivanja, istraživanja i veštačenja "Ivan Vučetić", gde će se prvi put u svetu ispitati potencijalna povezanost genetičkih varijacija u mitohondrijskoj DNK pacijenata s kliničkim manifestacijama Kovida-19, dok će se na Ruđeru sprovesti umnožavanje virusnih genoma, kodirajućih delova genoma pacijenata, kao i složeni postupak pripreme uzoraka za sekvenciranje.

Uzorke pacijenata s različitim težinama kliničkih simptoma prikupljaju stručni timovi u Kliničkoj bolnici Dubrava, Kliničkom bolničkom centru Sestre milosrdnice i Klinici za infektivne bolesti "Dr. Fran Mihaljević".

Ovaj interdisciplinarni projekt okupio je tim od preko dvadeset istraživača i stručnjaka koji pokrivaju interdisciplinarni pristup, od kliničkih nauka pa sve do računarske biologije. Uz kliničare i naučnike s PMF-a, IRB-a i "Vučetića" projektni tim čine i ugledni istraživači s Medicinskog fakulteta, Fakulteta elektrotehnike i računarstva i Farmaceutsko-biohemijskog fakulteta u Zagrebu, a u projekat su uključeni i međunarodni stručnjaci iz Italije, kao i saradnici iz dijaspore s nemačkog Univerziteta u Tubingenu.

Za potrebe realizacije prve faze projekta, koja će trajati do kraja 2021. godine, istraživački tim prikupio je već preko 120 uparenih uzoraka virusa i krvi pacijenata, a do sada su završeni rezultati analize viralnih genoma izolovanih iz oko šezdeset pacijenata.

Najveći broj uzoraka prikupila je i obradila dr sc. Ana Livun iz KB-a Dubrava. Uzorke sa severa Hrvatske prikupili su dr sc. Ivan Christian Kurolt i dr sc. Lidija Cvetko Krajinović iz Bolnice dr Fran Mihaljević. Doc. dr sc. Vjekoslav Tomaić iz Laboratorija za molekularnu virologiju s IRB-a je iz predloška virusnih RNK pomoću reverzne transkripcije sintetizirao komplementarnu virusnu DNK, a dr sc. Robert Belužić iz Laboratorija za naprednu genomiku s IRB-a je "popularnom" PCR metodom umnožio celokupne genome virusa u formi kraćih preklapajućih fragmenata.

Na takve fragmente se korišćenjem specifičnih enzima dodaju tzv. molekularni barkodovi, odnosno identifikatori koji omogućavaju paralelno sekvenciranje velikog broja uzoraka. Ovako pripremljeni fragmenti DNK poslani su u Centar za forenzična ispitivanja, istraživanja i veštačenja "Ivan Vučetić" gde je sekvenciranje radila dr sc. Marina Korolija.

Sklapanje i analizu virusnih genoma te odrađivanje prisutnih mutacija proveli su članovi Grupe za bioinformatiku sa zagrebačkog PMF-a, doktorandice Dunja Glavaš i Paula Štancl i dr sc. Maja Kuzman, dr sc. Lucija Markulin i dr sc. Rosa Karlić, pod vodstvom prof. Vlahovičeka.

(Telegraf.rs)