Senzacionalni rezultati studije naučnika: Korona virus je napravljen u laboratoriji? Tvrde - dokazi su čvrsti!

Foto: Tanjug/AP

Matematički biolog Aleks Vošburn objavio je članak u kojem rezimira naučni rad kojim su on i njegove kolege Valentin Brutel i Toni Van Dongen pokušali da pokažu da virus SARS-CoV-2 ima sintetičko poreklo. 

Prenosimo ovaj njegov članak.

Preporučujemo

"Doktori Valentin Brutel, Toni Van Dongen i ja smo nedavno objavili nacrt koji pruža dokaze o sintetičkom poreklu SARS-CoV-2.

Ovaj članak je moj pokušaj da rezimiram ono što smo pronašli, njegova ograničenja, i šta možemi i ne možemo zaključiti iz našeg rada. Proći ću kroz bioinženjerske metode koje se koriste da bi se napravili "infektivni klonovi", genomski otisti prstiju ove tehnologije, šta smo pronašli u SARS-CoV-2, kako se može desiti da nismo u pravu, i šta je sledeće.

Prvo i pre svega, želim ovo da kažem: naša upotreba reči "sintetičko" potiče od "sinteza". Postoje metodi za sintetisanje virusa u laboratoriji, i mi izučavamo te metode. Razgovarajući sa prijateljima i porodicom, naučio sam da reč "sintetičko" može da ima drugačiju konotaciju, pa želim da razjasnim da nismo pronašli dokaze za bilo šta zlokobno. Nismo pronašli dokaze da je SARS-CoV-2 biološko oružje (naprotiv, ovo izgleda kao nesrećan slučaj). Pronašli smo dokaze koji navode na to da je SARS-CoV-2 mogao da bude sintetisan u laboratoriji sa poznatim metodima, verovatno u svrhu normalnog pre-kovid istraživanja.

Vodič kroz infektivne klonove za idiote

Kao i reč "sintetičko", i reči "infektivni klon" takođe imaju zlokoban prizvuk, ali želim to da odbacim odmah. Infektivni klonovi su prosto klonovi virusa koji mogu da inficiraju ćelije. Infektivni klonovi mogu biti veoma loši u poslu inficiranja, ali će i dalje biti infektivni klonovi. Ako ste gledali ili čitali anime "Naruto", Naruto klonira sebe i ponekad su njegovi klonovi potpuni promašaji. Isto je sa infektivnim klonovima, "kage bunshin no jutsu" moderne virologije - neki su promašaji, neki su opasni.

SARS-CoV-2 je veliki, RNK virus sa više od 30.000 baznih parova (A, T, G, C) u svom genomu. RNK je nestabilna i teško je raditi s njom, tako da, da bismo napravili klon SARS-CoV-2 koji možemo lako menjati (tj. proučavati funkciju "spajk" proteina jednog virusa na "kičmi" drugog, kao što je urađeno nedavno u Bostonu), potrebna nam je DNK kopija. Kako bismo napravili DNK kopiju od 30.000 baznih parova (ili 30 kb), moramo sklopiti ovu kopiju od niza manjih delova ili segmenata genoma virusa.

Postoje mnogi načini da se "kat-pejstuje" genom virusa kako bi se sklopila DNK kopija od 30 kb. Jedan veoma čest metod je korišćenje specijalnih "makaza" zvanih "endonukleaza tipa IIS" ili "restriktivni enzim tipa IIS". Ove enzimske makaze presecaju virus na veoma određenim sekvencama, kao što je CGTCTC, što je "mesto prepoznavanja" za restriktivni enzim BsmBI. Ovi enzimi ne presecaju samo DNK ravno, već je presecaju na takav način da dva dela koja su presečena imaju "lepljive krajeve" od 3-4 nukleotida pomoću kojih se kasnije može "sklopiti" virus. "Lepljivi" krajevi nam pomažu da "slepimo" virus nazad - ako su naši "lepljivi krajevi" jedinstveni, onda magijom sparivanja A sa T i sparivanja G sa C možemo spojiti virus na tačno onaj način kako smo ga isekli. Ovi enzimi nam omogućuju da radimo sa DNK segmentima virusa, da ih mutiramo, da menjamo "spajk" gen jednog virusa sa "spajk" genom drugog virusa, i da ih lepimo se nazad, kao da na glavu "Mr Potato Head"-a nalepimo ruke GI Joe-a.

Foto:Pixabay

Pravljenje ovakvih himeričnih "Mr Potato Head" virusa nam pomaže da izučavamo stvari kao što je ona "da li ruke GI Joea" pružaju bilo kakvu vidljivu korist u životnom krugu virusa, kao što je vezivanje za ljudske ACE2 receptore. Istraživači u Bostonu su uzeli spajk gen Omikrona i stavili ga na "kičmu" predačkog niza SARS-CoV-2: da bi testirali funkciju spajk gena Omikrona kad je reč o vezivanju za ACE2, izbegavanju odgovora imunog sistema itd. Himere nam pomažu da izučimo G2P odnose (genotip prema fenotipu). Virusolozi izučavaju G2P kako bi naučili stvari kao što je ona da li neki virusi imaju veće šanse da izazovu pandemiju od drugih.

Istraživači "kat-pejstuju" viruse kako bi stvorili himerične infektivne klonove, i ovi kul enzimi tipa IIS omogućavaju im da kat-pejstuju viruse bez "lepljive trake" ili ostavljanja frankenštajnovskih ožiljaka svuda po genomu virusa. Međutim, dok sklapanje virusa putem DNK sklapanja pomoću IIS makaza ne ostavlja "ožiljke", otkrili smo da ono ostavlja veoma suptilan "otisak prsta", ali takav koji može da se identifikuje.

Virusi u prirodi nemaju "mesta za presecanje" tamo gde bi ih naučnici želeli. Kako bi lakše ispunili ciljeve istraživanja, naučnici često dodaju i otklanjaju mesta za presecanje iz "divljih" virusa. Kada dodaju i uklanjaju mesta za presecanje, istraživači vole da imaju regularnije raspoređena mesta za presecanje, i da svi posebni "lepljivi krajevi" sa regionom interesa (na primer domen vezivanja za receptore spajk gena) budu potpuno u okviru jednog segmenta.

Na primer, istraživači koji su pre kovida izučavali koronaviruse kod slepih miševa pronašli su čudan koronavirus, WIV1, i želeli su da izučavaju jedan od njegovih gena, ORFX. Oni su pomoću enzima BGlI "katovali" delove sa dva postojeća mesta za presecanje, uklonili su jedno mesto, i dodali još 4 mesta. Kad su dodavali ili uklanjali mesta za presecanje, istraživači su se potrudli da je svaka mutacija "tiha", tj. da ne menja aminokiselinu koju stvara rezultirajuća RNK sekvenca. Oni su onda sklopili sve ove segmente unutar velike cirkularne DNK ("bakterijski veštački hromozom", ovaj posebni nazvan pBAC-CMV-rWIV1) sa svim pravim koracima da bi se izrazila ta DNK, napravila virusna RNK pne dužine i taj gen ubacio unutar ćelije kako bi se napravio infektivni klon.

Ovako mi pravimo infektivne klonove RNK virusa. Nađemo virus, odlučimo koji region želimo da izučavamo, tražimo mesta za presecanje na genomu virusa, dodajemo/uklanjamo mesta za presecanje kako bi se to prilagodilo potrebama našeg istraživanja i zadovoljila bioinžinjerske ograničenja ove procedure sklapanja DNK, naručimo onlajn segmente DNK (ili ih sami napravimo obrnutim transkribovanjem virusne RNK u cDNK), i pripremimo laboratoriju. Naručimo restriktivne enzime, isečemo fragmente, sklopimo ih ili u cDNK kopiju virusa pune dužine ili u BAC klon, transkribujemo DNK u RNK pune dužine, pustimo struju kroz ćelije da bismo napravili rupu u njihovim membranama i ubacimo virusnu RNK. Ćelije će izbaciti RNK.

I evo: rođen je infektivni klon, putem bezgrešnog začeća moderne biotehnologije.

Genomski otisci prstiju infektivnih klonova

Dok je katovanje/pejstovanje delova DNK glatko, dodavanje/uklanjanje mesta restrikcije može da ostavi trag. Kod "divljih" virusa (onih koji se nalaze u prirodi), ova mesta za katovanje/pejstovanje su nasumično distribuirana, jer nema evolutivnog pritiska na virus da bude ovako katovan/pejstovan u prirodi. Kod infektivnih klonova, međutim, ljudi iza monitora modifikuju mesta restrikcije na regularan način. Za svaki dati restriktivni enzim ili niz enzima, niz svih mesta presecanja se zove "mapa restrikcije", u uvid u ove mape restrikcija pomaže nas da vidimo "otisak prsta" infektivnih klonova.

Na mapi objavljenih primera infektivnih klonova (MERS koronavirus i WIV1 koronavirus), mogu se uporediti mape restrikcija upisivanjem tačkica za svako mesto presecanja kao funkcije toga gde su ove tačke locirane na genomu. Kada su istraživači napravili jedan od ovakvih "povratnih genetskih sistema" za MERS, oni su uklonili prethodna mesta presecanja i dodali gomilu regularno raspoređenih mesta. Isto se desilo sa WIV1: zadržali su neka mesta, ali su uklonili druga i rezultirajuća mapa je imala prilično ravnomerno raspoređena mesta. Virusi divljeg tipa imaju nasumično raspoređena mesta sečenja, dok sintetički virusi imaju regularnije raspoređena mesta presecanja. Jedan način da se izmeri "regularnost rasporeda" ovih mesta je gledanje dužine najdužeg fragmenta. Na nacrtima se pokazuju dužine najdužih fragmenata kao funkcije broja fragmenata u širokom spektru od 70 koronavirusa koje su digestirali 200 enzima i 1.000 parova enzima - kada su istraživači stvarali infektivne klonove pre kovida, pravili su regularno raspoređena mesta. Neobično kratke dužine najdužih fragmenata posle digestije sa enzimima tipa IIS su otisci prstiju infektivnih klonova. Uradili smo meta-analizu na koronavirusima i pronašli 10 primera infektivnih klonova CoV napravljenih sklapanjem pomoću IIS od 2000. do 2019.

Postoje i drugi kriterijumi za infektivne klonove. Istraživači su koristili 5-8 fragmenata za koronaviruse (5-7 fragmenata je predloženo kao idealni opseg za "efikasan povratni genetski sistem" za koronaviruse). Svi "lepljivi krajevi" moraju biti jedinstveni. Sve mutacije korišćene da se modifikuju mesta presecanje od bliskih rođaka su "tihe".

Dodatni dokazi nisu potrebni, ali je važno ih razmatrati kad se procenjuje da li je neki genom infektivni klon ili nije. Ako je mala verovatnoća da takve anomalne mape restrikcija evoluiraju od bliskih rođaka, onda to dodaje težinu tezi o sintetičkom poreklu. Ako mape restrikcija pokazuju ključna mesta nagomilana potpuno unutar segmenta, posebno mesta za koja se misli da su modifikovana, onda i to dodaje težinu tezi o sintetičkom poreklu.

Foto: Tanjug/AP

Siže: Istraživači stvaraju infektivne klonove katovanjem/pejstovanje delića DNK. Oni to rade tako što menjaju mesta za katovanje/pejstovanje od "divljih" vrsta koronavirusa, i oni će učiniti mesta za katovanje/pejstovanje pravilnije raspoređenim od onih koja se pozicioniraju slučajno. Možemo izmeriti pravilnost raspoređivanja merenjem dužine najdužeg fragmenta, i možemo dalje testirati (i odbaciti!) našu hipotezu o sintetičkom poreklu gledajući da li su ispunjeni i drugi kriterijumi: "lepljivi krajevi" su dobri za verno sklapanje, i sve mutacije koje modifikuju ova mesta za katovanje/pejstovanje su "tihe". Možemo bolje razumeti i debatovati o "otiscima prstiju" koje pronalazimo procenjujući koliko je moguće da ovakva čudna mapa evoluira slučajno, da li sadrži ključno mesto koje nam je interesantno u celini unutar segmenta, i još toga.

Sintetički otisak prsta na SARS-CoV-2

Kako bi ispitali ovo kod SARS-CoV-2, možemo pogledati sva mesta presecanja tipa IIS, ali takav postupak bi uklonio podatke praveći mnoga poređenja SARS-CoV-2 sa distribucijom divljeg tipa. Mnoga poređenja bi mogla da uzrokuju da izgubimo moć da detektujemo suptilni signal. Kako bismo izbegli ovo, odlučili smo da se fokusiramo na veoma čest par enzima tipa IIS: BsaI i BsmBI. Puni detalji ovoga su u rukopisu, ali u suštini Valentin i Toni su prišli ovom problemu kao bioinženjeri (što i jesu). Upitali su se: šta bi bioinženjer uradio?

Primer sa WIV1 je koristio enzim BglI, koji je daleko najčešći enzim za katovanje/pejstovanje infektivnih klonova korona virusa pre epidemije kovida. Međutim, kad počnemo da gledamo koronaviruse kao što je SARS-CoV-2, mape restrikcija BglI su raštrkani - postoji samo jedno mesto, i ono je nepodesno locirano u blizini početka genoma. Ako su istraživači zainteresovani za proučavanje himeričnih virusa SARS-CoV u ovoj grupi, oni bi želeli očuvanija mesta odsecanja, odnosno ona koja će im osigurati da mogu katovati/pejstovati "ruke i noge" sa različitih virusa.

Posle BglI, dva najpopularnija enzima tipa IIS na tržištu su BsaI i BsmBI. Prvo, BsaI/BsmBI ostavljaju 4 nukleutidna "lepljiva kraja" umesto 3, što omogućava verodostojnije sklapanje. Drugo, mape restrikcija BsaI i BsmBI su veoma očuvane kod svih koronavirusa, i pružaju širok opseg mesta za katovanje/pejstovanje među bliskim srodnicima SARS-CoV-2 koji bi olakšali stvaranje himeričnih virusa od većeg broja CoV-ova. Na mapama ispod se vide mnogi koronavirusi na evolutivnom drvetu i BsaI/BsmBI mape restrikcija. BsaI/BsmBI mesta na SARS-CoV-2 su indikovana vertikalnim linijama, zbog lakšeg poređenja preko celog opsega koronavirusa. Toni i Valentin su ovako razmišljali: Ako stvaraju himerične koronaviruse u ovoj grupi, oni bi se prebacili na BsaI/BsmBI za verodostojnije sklapanje širokog filegenetskog spektra himera koronavirusa.

Mapa BsaI/BsmBI za SARS-CoV-2 ima pet mesta koji stvaraju 6 fragmenata koja su prilično regularno raspoređena. Domen vezivanja receptora spajk proteina je potpuno unutar petog fragmenta.

Kada plotiramo maksimalnu dužinu fragmenta SARS-CoV-2 u poređenju sa distribucijom "divljeg tipa" i 10 veštački stvorenih CoV na koje smo naišli u literaturi, maksimalna dužina fragmenta BsaI/BsmBI za SARS-CoV-2 je daleko ispod očekivanja za distribuciju "divljeg tipa" i spada baš u usku oblast broja fragmenata koje nalazimo kod veštački stvorenih koronavirusa. Jedan način da poredimo ove viruse po fragmentima je da merimo koliko standardnih devijacija ispod proseka oni imaju za svoj posmatrani broj fragmenata. Ovi "z-rezultati" pomažu nam da poredimo sve viruse u opsegu 5-8 fragmenata rangiranjem njihovih "z-ocena". SARS-CoV-2 ima veću "z-ocenu" u top 1% svih divljih tipova korona virusa i 3 poznata veštački stvorena koronavirusa. Kada napravimo restrikciju distribucije "divljih" samo na enzime tipa IIS koji bi mogli da se koriste za sklapanje i dobijanje idealizovanih 5-7 fragmenata, SARS-CoV-2 ima najveći "z-rezultat" od svih 1.491 digestija.

Dakle, mi procenjujemo da postoji 1% šanse da vidimo veći z-rezultat od svih enzima, i manje od 0,07% šanse da vidimo veći rezultat kod digestije tipa IIS sa 5-7 fragmenata. BsaI/BsmBI mapa restrikcija na SARS-CoV-2 ne uklapa se među divlje koronaviruse, a potpuno je u skladu i u opsegu onoga što očekujemo kod infektivnih klonova.

Kao što se vidi iz razmere 1%-0,07% za SARS-CoV-2, distribucija "divljeg tipa" je osetljiva na to koje enzime koristimo, i moguće da je osetljiva na to koje koronaviruse koristimo. Ne možemo da se oslonimo samo na ovu analizu, i morali smo da testiramo sve kriterijume.

Ispostavilo se da su "lepljivi krajevi" koje stvara BsaI/BsmBI digestija SARS-CoV-2 svi jedinstveni, ne-palindromski i da svi sadrže najmanje jedan A ili T - svi kriterijumi potrebni ili preporučeni za in vitro sklapanje genoma.

Takođe se ispostavilo da su mutacije koje razdvajaju mesta BsaI/BsmBI za SARS-CoV-2 od onih njegovih bliskih srodnika sve redom "tihe". Oko 84% mutacija između SARS-CoV-2 i njegova dva najbliža srodnika (BANAL-20-52 i RaTG13) su "tiha". Postoje 14 posebnih mutacija koje razdvajaju SARS-CoV-2 BsaI/BsmBI mesta, i sve su "tihe". Postoji oko 9% šanse da su 14 nasumično izabranih mutacija sve "tihe".

Ali to nije sve: takođe smo pregledali koncentraciju "tihih" mutacija po nukleotidu na BsaI/BsmBI mestima. Ako gledamo samo WIV1 ili MERS-CoV primere, pronašli bismo mali broj mutacija značajno skoncentrisanih u okviru modifikovanih mesta tipa IIS. U poređenju sa ostatkom genoma, pronašli smo značajno veću stopu tihih mutacija na BsaI/BsmBI mestima. Između BANAL52 i SARS-CoV-2 postoji 5x veća stopa "tihih" mutacija unutar BsaI/BsmBI mesta prepoznavanja u odnosu na ostatak genoma (P=0,004). Između RaTG13 i SARS-CoV-2 postoji ogromna 8x veća stopa "tihih" mutavija sa šansom od jedan prema milion da vidimo veću ili istu koncentraciju tihih mutacija na mestima restrikcija BsaI/BsmBI.

Ukratko: BsaI/BsmBI su posebno korisni enzimi restrikcije za upotrebu, ako ste želeli da izučavate gomilu himeričnih koronavirusa, kao što su bliski rođaci SARS-CoV-2. Mesta isecanja sa BsaI/BsmBI za SARS-CoV-2 izgledaju pravilno raspoređena. Maksimalna dužina fragmenta je u donjem opsegu za sve CoV figestije u idealizovanom opsegu fragment-broj, a u donjih 0,07% za sve digestije tipa IIS u okviru idealizovanog opsega, dok je broj fragmenata takođe u idealizovanom opsegu. Mapa restrikcija BsaI/BsmBI za SARS-CoV-2 izgleda više kao ona kod poznatih pre-COVID infektivnih klonova, nego kao kod "divljih" koronavirusa. Svi "lepljivi krajevi" su jedinstveni i ispunjavaju i druge fine kriterijume za dobro uklapanje. Sve mutacije koje odvajaju ova mesta od bliskih rođaka su "tihe", i postoji značajno veća stopa "tihih" mutacija po nukleotidu na BsaI/BsmBI mesta prepoznavanja nego na ostatku genoma virusa.

Šanse za ispunjenje bilo kojeg od ovih kriterijuma variraju, od 1%-0,07%, za malu maksimalnu dužinu fragmenta, do 1:250 do 1:100.000.000 za postojanje tako velike koncentracije "tihih" mutacija na mestima prepoznavanja za BsaI/BsmBI. Šanse da svi ovi kriterijumi budu ispunjeni su još manji. Mnogo manji.

Kao rezultat ove analize, mi pretpostavljamo da je SARS-CoV-2 bio napravljen u laboratoriji pomoću uobičajenih metoda korišćenih za sklapanje infektivnih klonova u vremenu pre COVID-a.

Šta ovo znači i šta ne znamo

Sintetičko poreklo SARS-CoV-2 ne znači da je postojala zla namera. U stvari, lokacija BsaI/BsmBI mesta se čini skoro himeričnom: neka su zajednička sa bliskim rođacima, a neka su zajednička sa dalekim rođacima, što nas nagoni na hipotezu da su možda istraživači samo želeli da naprave himerične viruse unutar grane relativno neproučenih koronavirusa. Dalje, ovo je uobičajeni projekat istraživanja, baš kao i onaj koji je napravljen na Bostonskom univerzitetu nedavno, i često se radi sa časnim namerama da se nauči još nešto o odnosima genotip-fenotip i čak preventivno naprave vakcine protiv virusa koji su najjači kandidati da izazovu pandemiju. Ovo bi, ako se ispostavi da je tačno, bila tragična ironija.

Ne identifikujemo one koji su napravili virus. Mnogi ljudi na svetu su mogli da urade ovo, iako poreklo epidemije u Vuhanu značajno sužava opseg osumnjičenih. Tehnologija koja se koristi za pravljenje infektivnih klonova je relativno jeftina, posebno ako se uporedi sa pravljenjem atomske bombe. Čak i da našu teoriju negiraju testovi koji slede, lakoća ovih eksperimenata bi trebalo da ukoči od straha sve nas, dovoljno da počnemo da pričamo o globalnoj biosigurnosti. I da počnemo da regulišemo to koje sekvence mogu da se kupuju onlajn, kao i da tražimo neku vrstu identifikabilnosti, kad je reč o eksperimentima sa himerama. Kao što su prigušivači za pištolje nelegalni, možda bi bilo mudro tražiti da svi koji se bave izučavanjem himera virusa da imaju jasno identifikabilne sekvence koje nam pomažu da odmah identifikujemo ko je šta uradio i šta je urađeno, pošto takva informacija može biti relevantna za sprečavanje laboratorijske nesreće koja može da se pretvori u pandemiju.

Takođe nismo pronašli bilo kakvu informaciju o istraživanju za zadobijanje novih funkcija virusa, osim naše hipoteze da ovo može da se koristi za pravljenje himera, i kako nam pokazuje reakcija javnosti na eksperiment u Bostonskom Univerzutetu, pravljenje himera je i samo forma istraživanja o dobijanju novih funkcija virusa. Himere se ne nalaze u prirodi, i nova himera koja je napravljena u laboratoriji mogla bi da ima nove funkcije koje je čine infektivnijom, smrtonosnijom, ili sposobnijom da izbegava odbranu imunog sistema. U spektru istraživanja dobijanja novih funkcija virusa, pravljenje humera od "divljih" virusa (u zavisnosti od divljeg virusa) je jedan od manje riskantnih eksperimenata, ali jasno je da još uvek rizici postoje. Trebalo bi da razgovaramo o ovim rizicima i da upravljamo njima.

Želim da naglasim: Ne znamo ko je to uradio. Bio sam veoma glasan kad je reč o temi porekla Covid-a, i ključna stvar je odvojiti ovo istraživanje od mojih javnih nastupa. Kao građanin, uznemiren sam nedostatkom transparentnosti ljudi koji izučavaju koronaviruse, koji prave himere i ubacuju mesta raskida pomoću enzima furina unutar domena vezivanja receptora - takva transparentnost bi mogla da eliminiše sva pitanja o "curenju" iz laboratorija, ako virus nije potekao iz laboratorije. Kao građanin-naučnik, takođe samo šokiran neobičnim, opadajućim standardima u stručnoj literaturi o poreklu SARS-CoV-2, pogotovo kad čujem da su vodeći stručnjaci "80:20 odsto u korist teorije o poreklu iz laboratorije" jednog dana, a onda kažu "teorija o poreklu iz laboratorije je teorija zavere" drugog dana - promenjivi standardi dokaza i masivne promene u izrečenim verovanjima naučnika su neobična, a ja stojim iza svojih pitanja o tome šta je od dokaza, tačno, izmenilo njihovo mišljenje.

Foto: Tanjug/AP/Darko Vojinović

Kao naučnik i kao ljudsko biće, kažem da je ova studija napravljena jer smo ja i drugi primetili nedostatak transparentnosti, neobičnu literaturu i iznenadne preokrete, kad je reč o nazivanju teorije o laboratorijskom poreklu Covid-a "teorijom zavere". Napisao sam rad koji se bavi naglašavanjem statističkih i metodoloških razloga zbog kojih nisam ubeđen u literaturu koja tvrdi da postoje "konačni" dokazi o poreklu korone sa riblje pijace. Nauka je žestoka i nepokolebljiva, ali časna potraga za istinom, i naukom se bave ljudi. Ipak, kad nosim moj "naučnički šešir", držim se viših standarda dokaza i profesionalizma nego kad nosim "građanski šešir". Kao čovek-građanin, tražio sam transparentnost i delio svoje iskreno mišljenje o literaturi, jer mislim da je javnosti potrebna transparencija i iskrenost od strane naučnika.

Kao naučnik koji sprovodi ovo istraživanje, učinio sam sve da naši metodi budu ponovljivi, naša statistika konzervativna, a naša prezentacija iskrena. Otkrili smo da je SARS-CoV-2 neobičan, znali smo koji su ogromni ulozi našeg pronalaska, i tražili smo način da srušimo našu hipotezu gledajući bliže "lepljive krajeve", "tihe" mutacije i analize evolucije koronavirusa. Bilo koji od ovih testov mogo je da sruši naši hipotezu i svet nikada ne bi video ovu studiju. Tražili smo recenzije naših kolega, svetskih eksperata u svakoj vodećoj instituciji s kojom smo mogli da se poveženo, i tražili smo im da "pretresu" naše rezultate. Ova skica rada nije prošla bez recenzije kolega, i proizvod je i mišljenja svetskih eksperata; učinili smo sve da u nju uključimo i njihove odgovore i mišljenja, da izvršimo sve testove koje su oni preporučili, i da uključimo sva ograničenja koja su oni identifikovali u našem rukopisu.

Kao naučnik, želim da budem eksplicitno jasan: iako smo pronašli jake dokaze o sintetičkom poreklu, ne donosimo bilo kakve dokaze o namernom puštanju, određenom laboratoriji ili određenim ljudima. Ne znamo ko je šta znao ili ko je šta uradio, znamo samo da mapa restrikcija BsaI/BsmBI za SARS-CoV-2 izgleda jako slično mapama restrikcija infektivnih klonova, i da je veoma malo verovatno da tako čudna mapa restrikcija može da se nađe u prirodi ili da na prirodan način evoluira iz bliskih rođaka SARS-CoV-2. Ipak, kao i u celoj nauci, ostaje mogućnost da grešimo, i ostajemo otvoreni toj mogućnosti.

Kako možemo da ne budemo u pravu

Koristili smo maksimalne dužine fragmenata BsaI i BsmBI kao našu statistiku za test, jer ovi enzimi su dobri i maksimalna dužina fragmenata ima odnos sa određenim bioinženjerskim ograničenjima. Međutim, drugi mogu pokazati da postoje bolji "otisci prstiju" u sintetičkim mapama restrikcija, i korišćenje druge statistike može promeniti gledanje na to koliko abnormalna zaista jeste mapa restrikcija BsaI/BsmBI kod SARS-CoV-2. To neće promeniti jedinstvene "lepljive krajeve" ili koncentraciju ekskluzivno "tihih" mutacija, ali bi promenilo odnos poređenja SARS-CoV-2 i divljih tipova virusa.

Ne uzimamo u obzir filogenetsku zavisnost koronavirusa. Razmotrimo neverovatan scenario da neko skupi 1.000 kopija SARS-CoV-1, da ih digestira, i da onda kaže da je SARS-CoV-2 1/1000 događaj u poređenju sa ovim digestijama divljeg tipa. Ova procena nije utemeljena na toj analizi, jer ti genomi divljih tipova su svi isti. Evolucija koronavirusa od zajedničkog predaka čini genome koronavirusa ne istima, već sličnima, i mi ohrabrujemo proveru koja uzima u obzir filogenetske sličnosti koronavirusa. Nismo znali kako da uradimo to, barem ne odmah. Upoznat sam sa načinima da se uzme u obzir filogenetska zavisnost, i u neku ruku sam i ekspert u tom polju, ali kako da se to uradi u ovom konkretnom problemu određivanja udela jednog virusa u distribuciji divljeg tipa nije bilo jasno. Iskreno bih voleo da čujem kako da se ovo uradi, i rado bih ovo uključio u našu studiju.

Kada smo analizirali mutacije, koristili smo veoma jednostavan model mutacije koja pretpostavlja uniformne stope u celom genomu virusa. Ovaj model je jasno pogrešan, ali ipak nije jasno na koji način bi precizniji model uticao na rezultate, niti koji bi bio način oko kojeg bi se svi složili, da se ovo uradi. Da kažem jednostavno: ne mutiraju sva mesta po istim stopama. Šta ako mesta unutar sekvenci prepoznavanja za BsaI/BsmBI mutiraju po većoj stopi od drugih? Dalje, šta ako su mesta unutar BsaI/BsmBI sekvenci pod jakom selekcijom, moguće usled specifičnosti tog mesta? Realistična ne-uniformna stopa mutacija u celom genomu koronavirusa je važna, više je realistična od naše pretpostavke stope uniformnosti, i ona može uticati na naše rezultate. Nismo vršili analize sa ne-uniformnim stopama, međutim, jer nismo eksperti u ovoj oblasti, i smatrali smo da je najbolje da se ovo ostavi budućim istraživanjima.

Naučnici objavljuju radove ne zato jer je određeno istraživanje kraj nauke, nego zato što je ono jedinica istraživanja koju je vredno podeliti sa drugima, kako bi drugi mogli da koriste ovu ciglu znanja i nastave da grade s njom, ili da joj pronađu slabost i razgrade je. Ostajemo otvoreni za obe mogućnosti, da naš rad može naterati druge da na primer potraže komunikacije i zapise o "BsaI", ili da nađu (ili ne nađu!) dokaze da su ovi enzimi bili korišćeni da modifikuju genom koronavirusa slepog miša. Drugi mogu istražiti ograničenja koja smo izneli i pronađu da dublja analiza smanjuje mogućnost da je SARS-CoV-2 sintetički... Ili mogu doći do zaključka da dublja analiza eksponencijalno podiže verovatnoću da je SARS-CoV-2 sintetički virus.

Celu našu analizu smo napisali i podelili smo naš kod sa svetom. Pokušao sam veoma temeljno da proverim svaki red našeg koda i da učinim ono što smo radili jasnim i lakim za ponavljanje. Međutim, uprkos tome što sam zamalo zaradio čir proveravajući svaki red, moguće je da neko pronađe grešku u našem radu. Ne delimo ovaj rad rado - ovo je najtužniji rad koji sam ikad napisao. Podelili smo naš kod upravo iz tog razloga: želimo da vidimo tačno ono što smo uradili, i ako smo uradili nešto pogrešno, otvoreni smo da saslušamo. Zaista nam je stalo do istine. Testirali smo našu hipotezu što bolje smo mogli, sve dok se ona nije stvrdnula i postala cigla znanja za koju mislimo da svet treba da je vidi i čuje, i sada dajemo vama ovu ciglu da biste izgradili piramidu znanja ili možda pronađete grešku i pretvorite našu ciglu nazad u prah.

Kao naučnik, sa mojim naučničkim šeširom na glavi, pokušali smo da budemo jasni, kad je reč o ograničenjima, i radujem se što ću čuti šta drugi imaju da doprinesu, pogotovo ako nas opovrgnu. Ja verujem da se SARS-CoV-2 verovatno pojavio u laboratoriji, na osnovu jasnih grešaka literature koja tvrdi njegovo zoonotsko poreklo, na osnovu dokaza koje smo pružili, i dodatnih geografskih, genomskih i drugih dokaza. Moguće je da nisam u pravu. Ja nisam sudija/porota/dželat, samo sam naučnik. Moja građanska dužnost je da vidim nešto, kažem nešto, a moj posao kao naučnika je da obratim posebnu pažnju na teme u kojima mogu da vidim nešto što ne mogu ljudi koji nisu naučnici.

Pronašli smo jake dokaze o sintetičkom poreklu SARS-CoV-2."

(Telegraf/alexwasburne.substack.com)